かつて人間界を恐怖に陥れた妖邪界の封印が解けると、数多の妖邪兵が侵攻を開始した。人類の危機に駆けつけたのは、若き五人のサムライたち。その名は、サムライトルーパー！！彼らの闘いの日々が、新たに幕を開ける！
